La tour représente aussi la maîtrise du temps « profane ». Cette sécularisation est actée en 1798, quand l'église et le couvent des Franciscains sont vendus tandis que le clocher revenu dans le giron de la Ville reste municipal. Ce clocher, construit en 1722, comporte uniquement une coupole et une croix qui seront démontées. La seule horloge publique du secteur est celle de la Tour Rusca, trop éloignée pour porter jusqu'aux quartiers Est de la vieille ville. En 1813, la Ville décide donc d'équiper le clocher de Saint – François d'une horloge. L'édifice est très dégradé, il s'agit d'une quasi-reconstruction et le projet est confié à Joseph Vernier.

Il supprime la coupole, transforme l'édifice circulaire en une tour carrée et prévoit un campanile pour abriter la future cloche. En 1839, l'horloge retenue est fabriquée dans le Jura, tandis que la cloche est commandée à un fondeur niçois. Celle-ci ne donne pas satisfaction et une nouvelle fabrication ne sera jamais livrée. La Ville se tourne alors vers un fondeur gênois.

Lorsqu'elle arrive à Nice, on se rend compte que la cloche est trop lourde et excède le poids supportable. Des travaux imprévus de renforcement sont indispensables et un appel aux dons est fait afin de les financer. D'où un délai supplémentaire jusqu'en 1841.

Depuis, seuls des travaux d'entretien et de modernisation, comme l'éclairage, ont été menés. La tour a été inscrite à l'inventaire des Monuments historiques le 23 juin 1993.